Зміна єпископського осідку та поділи
До 1766 року всі Мукачівські єпископи мали свій осідок при василіянському монастирі на Чернечій Горі, який знаходився при воротах міста; пізніше єпископська резиденція була перенесена всередину самого міста. При єпископстві Андрея Бачинського (1772-1809) єпархія зберегла свою початкову назву, навіть якщо осідок та резиденція єпископа були перенесені до Ужгорода (1780), де залишились до сьогодні. Після заборони Товариства Ісуса на австрійській території Мукачівські єпископи отримали від імперської влади місцеву церкву Єзуїтів та бібліотеку. В кінці XIX століття, місто Мукачево, що постало біля замку, було населене переважно Мадярами та Євреями, з дуже маленькою слов’янькою меншиною, що мешкала перш за все в селах та в малих та незаселених гірських місцевостях. Мукачівські єпископи керували дуже великою єпархією, але мало заселеною.
Після смерті Бачинського Мукачівська єпархія зазнала свого першого поділу: аж 192 парафії були відібрані з її західних комітатів (Абов, Боршод, Ґемер, Спіш, Шаріш та частина Земпліна), щоб створити Пряшівську греко-католицьку єпархію (1818). Через п’ять років 72 парафії південного комітату Сатмар були переведені до румунської греко-католицької єпархії Орадеа, а в 1853 році інших 94 парафії перейшли до румунської єпархії Герла. Накінець, в 1912 році 68 парафій з південно-східної частини Мукачівської єпархії були переведені до новоствореної мадярської єпархії Гайдудороґ.
В 1914 році Мукачівська єпархія мала дуже звужену територію та обмежувалась Карпатами та східною Словаччиною, регіоном, який після Першої Світової війни став частиною нової Чехословацької Республіки. В 1949 році незадовго до того, як радянська влада ліквідувала єпархію, вона нараховувала 400.000 вірних, більшу частину яких складали Русини (Рутени), після них йшли Угорські греко-католики (28.000), Румуни (16.000) та Словаки (3.000).
Ідеї об’єднаної Церкви в формі греко-католицької Церкви та її східних традицій завжди противилась як світська влада, так і церковна. Періодично, візантійський обряд підпадав латинізуючим впливам, слов’янська мова, використовувана в літургії Церкви, сильно критикувалась, та були часи, коли були різні спроби замінити кирилицю на латинський алфавіт. Попри ці проблеми, Унія відігравала позитивну роль. Русинські священники отримали можливість пізнати західну європейську культуру та могли навчатись в семінаріях та університетах габсбурзької монархії та Риму. Така ситуація приготувала землю для народження русинської інтелігенції як всередині, так і поза Церквою.
В другій половині XIX століття, з різних причин, також і економічних, греко-католицька єрархія прийняла політику національної асиміляції, проваджену Королівством Угорщини. Як прямий наслідок, в період між останнім десятиліттям 1800-их та першим двадцятиліттям 1900-их, серед Карпатських Русинів зародився рух протесту, який закликав до повернення в православ’я. За чехословацького уряду Мукачівська єпархія опинилась у дуже важкому становищі, коли майже чверть її парафіян перейшли до православної Церкви. Також і відносини з чехословацьким урядом були на початку не зовсім ясні. Багато священників єпархії звинувачувались в тому, що вони були членами угорських груп, та єпископ Антоній Папп, відмовившись скласти обов’язкову присягу вірності чехословацькій Державі, залишив осідок в Ужгороді та остаточно оселився в Угорщині. Інші питання стосувались прав Церкви та зарплат священників, які не були врегульовані аж до введення в силу особливих законів в 1926 році. Незважаючи на все, греко-католицька Церква втримала своє домінуюче становище аж до приходу радянської влади в 1944 році та подальшого встановлення комуністичного режиму у всьому регіоні.
Знищення
В 1949 році комуністичний режим закарпатського регіону Радянської України визнав Унію 1646 року недійсною та формально ліквідував Мукачівську єпархію. Правлячий єпископ, Теодор Ромжа, був убитий в 1947 році і, між 1944 та 1949 роком, священники, які відмовлялись зректись католицизму та приєднатись до православної Церкви, були заарештовані та ув’язнені. В 1949 році майже всі священники, які знаходились в містах, були заарештовані, та 83 священники були змушені приєднатись до православної Церкви; в наступних роках те саме сталось з іншими 18 священниками. Греко-католицькі місця культу були віддані православній Мукачівській єпархії для її потреб, тоді як іншу власність греко-католицької Церкви (таку як єпископську палату в Ужгороді, семінарії, школи, землі) були конфісковані Державою. Попри переслідування, греко-католицька Мукачівська єпархія продовжувала виживати підпільно та утримувати свою єрархію.
Відновлення
Близько кінця 80-их років, слідом за політичними змінами, що відбулись в Радянському Союзі, греко-католицька єрархія вийшла з підпілля, та в 1989 році Мукачівська єпархія знову була відновлена з 209 парафіями (в 1949 році в час її ліквідації парафій було 289). В Ужгороді в 1995 році була відкрита нова греко-католицька семінарія. Єпархія, наново заснована на основі своєї історичної традиції та норм канонічного права, зберігала статус церковної спільноти свого права (Ecclesia sui iuris), прямо підпорядкована владі Святого Престолу. Це становище збудило сильну критику з боку українських націоналістів всередині та ззовні Церкви і було причиною внутрішніх поділів в самій церковній єрархії. Одна частина священників – про-українців, проваджених помічним Мукачівським єпископом Іваном Маргітичем (1921-2003) – просила, щоб Мукачівська єпархія була підпорядкована юрисдикції українській Львівській греко-католицькій митрополії з осідком в сусідній історичній Галичині. Натомість, більшість священників, під проводом єпископа Івана Семедія (1921-2008), була проти зміни традиційного юрисдикційного статусу єпархії. Після ознайомлення зі справою, Святий Престол встановив, що юрисдикційний статус Мукачівської єпархії залишиться незмінним і два тогочасних помічних єпископи отримали уряд: один у справах вірних русинського та угорського походження (Йосиф Головач, 1924-2000), а другий – у справах Українців (Маргітич). Як визнання мультиетнічного складу єпархії, було затверджено використання в Церквах церковнослов’янської, української, угорської та румунської мов незалежно одна від одної.