Започаткування цього вагомого для Греко-католицької Церкви духовного закладу краю сягає часів єпископа Михайла Мануїла Ольшавського, який у 1744 році заснував у м. Мукачево богословську школу. З 1778 року школа продовжує свою діяльність у стінах Ужгородського замку, який імператриця Марія-Терезія подарувала Мукачівському єпископу Андрію Бачинському.
Перенесена з Мукачева до Ужгорода богословська школа єпископа Ольшавського була перетворена владикою Бачинським у духовну семінарію з чотирирічним терміном навчання, що носила назву ім. Трьох Святителів. У 1941 році семінарія отримала статус академії.
З 1949 року, у час ліквідації Мукачівської греко-католицької єпархії, академію закрили. Але із закриттям владою богословської академії не закрилися серця юнаків, які чули поклик Христа-вчителя: „Ходіть за мною”. Тому намагалися знаходити вихід зі скрутного становища, яке ставило бар’єр їхньому вихованню та навчанню згідно з нормами. Вихід був один – підпільна семінарія, виховання та навчання протягом років у хатах. У підпіллі з 1956 до 1991 року підготовлено і висвячено 53 священики.
Релігійна свобода, повернена у 1989 році, дала можливість відновити діяльність богословської академії. Вона почала діяти в м. Мукачево під керівництвом ректора – владики Йосифа Головача. Для покращення умов виховання семінаристів керівництво Мукачівської єпархії шукало можливості для побудови нової богословської академії, оскільки старе приміщення – замок – перебуває у державній власності.
Отримавши у 1992 році територію під будівництво при в’їзді в с. Минай, що біля Ужгорода, 28 червня того ж року був посвячений наріжний камінь будови академії.
1992-1993 навчальний рік розпочали вже в Ужгороді, але ще не в новобудові, а лише у вагончиках, які були розміщені на території майбутньої академії. Та ні літня спека, ані зимовий холод не перешкоджали семінаристам докладати зусилля, щоб стати священиками, апостолами Христа.
28 червня 2004 року на першому святкуванні свята Перенесення мощей Блаженного священномученика Теодора Ромжі кардинал Йозеф Томко з Риму освятив завершене будівництво нової семінарії і фундамент під нову семінарійну церкву.
28 червня 2007 року владика Мілан разом із кардиналом Теодором Eдгаром Мак-Керріком, вашингтонським архиєпископом-емеритом, освятив нову церкву на території богословської академії.
6 грудня 2008 року духовна академія відсвяткувала 230 років її перенесення з Мукачева до Ужгороду і початок навчання у стінах Ужгородського замку.
З часу відновлення діяльності Мукачівської греко-католицької єпархії понад 150 студентів академії отримали дипломи про закінчення філософської та теологічної освіти.